附睾囊肿可由多种原因所引起，常见原因主要为泌尿系统感染。
如果在平时男性没能注重阴茎局部卫生，造成了尿路感染，致使泌尿系统产生炎性反应，再加上没能及时对症治疗或者治疗方法不得当，导致病灶残留等，都可能会引起附睾囊肿。
也可能是由于输送精子的管道出现了局部梗阻所引起，还可能是睾丸附睾存在慢性的感染，由于病原菌不断的刺激所引起。另外，还可能与频繁性刺激有关。针对附睾囊肿应引起重视，病情比较轻微时可选择保守治疗，必要时则需要考虑手术治疗。
可能由于局部炎症粘连使附睾管阻塞,或者其中微小、单一的附睾输精管阻塞后管腔液潴留,形成囊肿。”